Burung Indonesia didirikan sebagai organisasi konservasi nasional pada 2002 dengan nama resmi Perhimpunan Pelestarian Burung Liar Indonesia (BirdLife Indonesia Association). Dengan dukungan masyarakat, Burung ndonesia berusaha melestarikan burung-burung liar di Indonesia beserta habitatnya. Sebelumnya, pada 1992-2002 organisasi ini dikenal sebagai BirdLife International-Indonesia Programme.
Burung Indonesia merupakan bagian dari kemitraan global BirdLife International yang memiliki 114 organisasi di seluruh dunia.
Burung Indonesia bekerjasama dengan masyarakat untuk mengembangkan kapasitas kelompok-kelompok atau komunitas lokal dan menjalin kerjasama dengan para pihak.
Pada tahun-tahun awal sebagai BirdLife International-Indonesia Programme, fokus kerja organisasi ini yaitu mengidentifikasi Daerah Penting bagi Burung dan Keragaman Hayati (DPB/IBA). Pengembangan jaringan serta pembentukan kelompok-kelompok pengamat burung juga merupakan komponen kerja Burung Indonesia selama masa tersebut. Pada masa ini beberapa DPB juga didorong untuk menjadi kawasan perlindungan.
Hingga saat ini, Burung Indonesia aktif dalam memfasilitasi peningkatan efektivitas pengelolaan kawasan perlindungan mengingat lebih dari separuh IBA berada di luar jaringan kawasan perlindungan di Indonesia. Meskipun demikian, menciptakan area yang aman untuk keragaman hayati yang mendukung mata pencaharian tidak semudah mengubah status kawasan menjadi kawasan perlindungan. Karena itu Burung Indonesia mendorong pengelolaan kawasan hutan alam produksi melalui restorasi ekosistem.
Burung Indonesia bekerja melalui tiga pendekatan, konservasi pada tingkat tapak, pengelolaan bentang alam produktif secara lestari dan restorasi hutan alam produksi.*