Wilayah biogeografis Wallacea di Sulawesi, Maluku dan Sunda Kecil berada di antara antara paparan benua Sunda dan Sahul dengan cakupan luas 33,8 juta hektar. Secara global kawasan ini terkenal dengan endemisme yang luar biasa karena kedua paparan benua tersebut, yang sekitar 25.000 tahun lalu tersambung, sekarang terpisah lautan sehingga menciptakan zona isolasi bagi flora dan fauna di dalamnya. Faktor pendukung isolasi lain adalah bentuk geografis dan topografi.

Akibat aktivitas vulkanik dan subduksi, daratan Wallacea terpecah-pecah menjadi ribuan pulau-pulau kecil serta beberapa pulau besar yang terpisahkan oleh selat-selat dalam. Perairan laut di kawasan ini dan sekitarnya, yang membentuk segitiga terumbu karang, memiliki keragaman hayati laut paling kaya di bumi. Secara keseluruhan, di wilayah ini terdapat 251 KBA darat dan 74 KBA laut.

Kekayaan hayati di Kawasan Wallacea memiliki kekhasan tersendiri yang memiliki ciri berbeda dari individu di kawasan Asia maupun Australia dan Papua Nugini. Wallacea adalah rumah bagi 560 spesies, di mana 254 spesies di antaranya merupakan spesies laut, termasuk di dalamnya 110 spesies laut endemik dengan kategori Kritis (tiga spesies) dan Genting (25 spesies). Dari 697 spesies burung yang ada di kawasan ini, 249 di antaranya endemik dengan beragam status kelangkaan.

Vegetasi alami di di dataran rendah Wallacea di sekitar khatulistiwa, terpusat di Sulawesi dan Maluku, adalah hutan hijau abadi dan semi-abadi sedangkan subkawasan Sunda Kecil, yang kering dan sering berganti musim, didominasi hutan luruh-daun. Sebagian besar jenis hutan ini telah dibuka untuk lahan pertanian, pertambangan dan pembangunan. Tipe hutan lain yang ada di Wallacea yaitu padang semak, rawa, hutan di batu ultrabasa, savanna, padang rumput dan mangrove. Pulau Sulawesi, wilayah penyumbang tutupan terluas untuk Wallacea (56%), terletak di dalam bioma hutan pegunungan, yang mencakup pusat-pusat endemisitas tumbuhan penting di Latimojong dan Taman Nasional Bogani Nani Wartabone.

Curah hujan di kawasan ini memberi dampak terhadap kondisi alam, kesehatan dan ketersediaan makanan. Wilayah Wallacea bagian utara memiliki dua kali musim hujan dalam setahun, sementara kawasan selatan lebih bersifat musiman dengan musim hujan sekali dalam setahun dan musim kemarau panjang. Pasokan air dan pengelolaan daerah tangkapan air di pulau-pulau kecil merupakan faktor penting untuk pembangunan ekonomi serta kehidupan masyarakat setempat.

Penyebab langsung dari ancaman utama baik di Wallacea bagian Indonesia dan Timor-Leste dikelompokkan menjadi dua kategori utama. Yang pertama adalah eksploitasi sumber daya alam berlebihan seperti penebangan liar, penangkapan ikan yang tidak berkelanjutan, perburuan dan pemanenan. Kategori kedua adalah degradasi habitat, fragmentasi dan konversi termasuk pertambangan, minyak dan gas, industri pertanian dan kehutanan, pengusaha kecil bidang pertanian dan peternakan, urbanisasi, infrastruktur dan pengembangan energi. Perluasan industri pertanian terutama  ditujukan untuk komoditas kelapa sawit dan tebu.